عروج اسرارآمیز
آيت‌‌‌اللّه‌‌‌ سيدمصطفى خمينى، پس از دورانى پر از رنج، تلاش و مبارزه در سحرگاه يكشنبه اول آبان ماه 1356 در سن 47 سالگى در نجف به‌‌‌طور ناگهانى و مرموز در خانه خود درگذشت. همه بستگان درجه اول و نزديكان و دوستان حاج آقا مصطفى، همگى بر این باورند كه مرگ ايشان غيرطبيعى بوده و به احتمال بسيار زياد، مأموران ساواك و يا ساير عمال حكومت پهلوى، در اين قضيه دست داشته‌‌‌اند. عده‌‌‌اى نيز از روى شواهدی، معتقدند كه ممكن است به شيوه مرموزى كه رژيم پهلوى در مورد كشتن برخى مخالفان، بدان دست مى‌‌‌زد، ايشان كشته شده است.
رژيم ايران از شهادت حاج آقا مصطفى، اهداف گوناگونى را دنبال مى‌‌‌كرد؛ ضربه زدن به نهضت اسلامى، ايجاد فشار روانى بر امام خمينى، جلوگيرى از پيدايش خطرهاى بعدى از سوى خمينى ديگرى آن هم جوان و پر توان، جلوگيرى از سياسى شدن حوزه علميه نجف، ايجاد رعب و وحشت در بين مبارزان و مخالفان خود و ... از جمله آنها بودند. با همه شواهد و دلايل، ساواك شهادت حاج آقا مصطفى را حتى در بولتن ويژه خود و در گزارش‌‌‌هاى نمايندگى ساواك در عراق، ناشى از سكته قلبى اعلام كرد.
به هر حال تقدير چنين بود كه عروج ملكوتى ايشان در هاله‌‌‌اى از ترديد باقى بماند و پيامدهاى مهمى را ايجاد بكند.
پيكر آيت‌‌‌اللّه‌‌‌ سيدمصطفى از شهر نجف به كربلا برده شد و بعد از غسل در آب فرات و طواف حرم امام حسين (ع) و حضرت ابوالفضل (ع) به نجف بازگردانده شد و يك روز بعد، در روز دوشنبه، دوم آبان ماه 1356 پس از طواف حرم امام على (ع)، آيت‌‌‌اللّه‌‌‌ سيدابوالقاسم خويى بر پیکر ايشان نماز خواند و پس از آن در ايوان حرم مطهر علوى (ع)، مجاور مقبره علامه حلّى براى هميشه سر بر آستان حضرتش نهاد.
عروج اسرارآميز و شهادت آيت‌‌‌اللّه‌‌‌ سيدمصطفى خمينى در اول آبان ماه 1356، در شرايطى رخ داد كه فضاى باز نسبى سياسى تحت فشارهاى دولت امريكا، ظاهرا از اختناق سياسى كاسته بود و مبارزان، فرصت خوبى براى پيشبرد نهضت اسلامى به دست آورده بودند. البته رژيم پهلوى و امريكايى‌‌‌ها، تصور نمى‌‌‌كردند كه ايجاد فضاى باز، كار را به جايى برساند كه كنترل اوضاع از دستشان خارج شود. شايد هم اگر شهادت فرزند ارشد امام خمينى اتفاق نمى‌‌‌افتاد، زمان زيادى طول مى‌‌‌كشيد كه حكومت پهلوى از پادرآيد. به هر حال، آنچه اتفاق افتاد، غير از اين بود و در واقع آتشى بود كه به انبار باروت افتاد و به يك باره و با سرعتى باور نكردنى عرصه را بر رژيم پهلوى تنگ كرد و هيچ نوع تدبيرى اعم از امنيتى، انتظامى و سياسى و حتى سركوب، كارساز نشد.
به دنبال پخش خبر شهادت حاج آقا مصطفى، حوزه علميه نجف‌‌‌اشرف و ديگر شهرهاى عراق، تعطيل شد. نكته بسيار مهم و قابل تأمل در تعطيلى حوزه علميه نجف، اين است كه مرسوم نبود، به خاطر درگذشت يكى از علما و مراجع درجه دو، آن حوزه كاملاً تعطيل شود. تنها زمانى كه يكى از مراجع طراز اول وفات مى‌‌‌كرد، حوزه تعطيل مى‌‌‌شد. به عنوان مثال در زمان ارتحال آيات عظام: حكيم، شاهرودى و بجنوردى حوزه را به طور كامل تعطيل نمودند. حاج آقا مصطفى نيز عليرغم دارا بودن درجه اجتهاد و نبوغ فراوان و تأليفات گوناگون فقهى، اصولى و تفسيرى و ساير ويژگيهاى برجسته، هنوز از شخصيت‌‌‌هاى درجه اول حوزه علميه نجف محسوب نمى‌‌‌شد؛ اما تعطيلى كامل حوزه علميه نجف در سوگ ايشان، بيانگر شخصيت برجسته آيت‌‌‌اللّه‌‌‌ سيدمصطفى و امام خمينى (ره) در ديد آن حوزه بود؛ بنابراين با انتشار خبر رحلت ايشان درسها تعطيل شد. از ساعات اوليه، روز اول آبان ماه 56 در منزل امام خمينى، مراسم روضه‌‌‌خوانى به همين مناسبت برپا شد كه آيات، مراجع، فضلا و طلاب علوم دينى براى تسليت‌‌‌گويى به امام، مى‌‌‌آمدند. اولين مجلس فاتحه‌‌‌خوانى را امام در مسجد هندى ـ كه بزرگترين مسجد نجف‌‌‌اشرف بود ـ برگزار كردند. اين مراسم طى سه شب متوالى (چهارشنبه، پنج‌‌‌شنبه و جمعه) با طرز باشكوهى برگزار گرديد و در آن، عموم طبقات مردم از شهر نجف و شهرهاى ديگر عراق مثل بغداد، كاظمين، عماره، سامرا، بلد، كربلا، ديوانيه، حلّه و كوفه شركت كردند.